离婚协议的补充协议在性质上分两种：一种是补充性，一种是变更性。

夫妻双方在登记离婚后，就离婚协议达成的补充协议，只要符合合同编的规定，即受法律保护，对协议双方具有法律约束力。但根据协议内容与登记备案的离婚协议的不同，其效力也有所差别。

对于完善性补充协议效力问题。仅对备案离婚协议中某些内容进行明确、完善，并不改变原协议内容的补充协议，由于此类补充协议是为了更好落实备案离婚协议，内容上不改变备案离婚协议，因此，效力上与备案离婚协议一致，一定条件下还可产生对抗第三人的物权效力，在证明责任上，只要未能举证证明在订立补充协议时一方存在欺诈、胁迫等情形的，就应当予以支持按补充协议内容履行，无需提供其它证据印证。
对于增加性补充协议效力问题。补充协议约定内容与备案离婚协议的内容无关，此类协议通常是因为备案离婚协议应该约定但遗漏的事项，其后进行添加，但仍然属于对夫妻共同财产的分割，只是分割的时间为离婚协议已经登记备案、夫妻已经离婚之后发生。此类协议效力上较备案离婚协议要弱，一般不能产生对抗第三人的物权效力，但在证明责任上，只要未发现订立财产分割协议时存在欺诈、胁迫等情形的，就应当予以支持，其证明标准与备案离婚协议书一致。
对改变备案协议内容的补充协议效力问题。此类协议的有效性最为复杂。

离婚时，夫妻双方对夫妻共同财产进行了分割，确定了各自财产的所有权，若此后以补充协议的形式进行变更，不再是对夫妻共同财产的分割，而是对自有财产的处分。比如，离婚协议约定夫妻双方对房屋产权各分割50%产权份额，离婚后又以补充协议的形式约定该房屋全部产权归一方所有，这实际是一方将自己的50%产权份额赠与另一方所有，并非是对原夫妻共同财产的重新分割。因此，虽然名称上系离婚协议的补充协议，实则与离婚协议无关，仅为一方对另一方的赠与合同。

《婚姻家庭编解释一》第三十二条规定：“婚前或者婚姻关系存续期间，当事人约定将一方所有的房产赠与另一方或者共有，赠与方在赠与房产变更登记之前撤销赠与，另一方请求判令继续履行的，人民法院可以按照民法典第六百五十八条的规定处理。”民法典第六百五十八条规定：“赠与人在赠与财产的权利转移之前可以撤销赠与。经过公证的赠与合同或者依法不得撤销的具有救灾、扶贫、助残等公益、道德义务性质的赠与合同，不适用前款规定。”此类补充协议，双方签订后合同成立，不涉及权利转移的内容即时生效，但涉及权利转移的赠与部分，需实际履行后方能生效，在实际履行之前，赠与人可随时撤销。

最后，需要特别指出的是，以上仅对协议双方而言，并不针对第三方，若离婚协议或其补充协议有损于第三方利益的，第三方有权根据民法典的相关规定行使撤销权。