男方因犯强奸罪导致被判刑，其犯罪行为严重伤害了双方的夫妻感情，导致夫妻感情破裂，如女方提出解除婚姻关系，因监狱服役方无法亲自照顾、抚养子女，一般子女会由女方来抚养。

男、女双方在离婚时，就孩子的抚养权问题可以进行协商，若在协商不一致的情形下，应由人民法院根据具体情况，如子女的年龄、性别以及最有利于子女健康成长等方面进行综合考量后予以最终判决。

即使男方因犯罪被判刑，但也无法改变其系子女亲生父亲的事实，所以应当负担作为父亲的义务并承担相应的责任。