双方可以在离婚协议中自行约定两个孩子的抚养权、抚养费和探望。

关于两个孩子抚养权，最好能够从孩子的角度出发，充分考虑到孩子的生活环境以及生活状态，尊重孩子的意见，与对方协商。如果对方同意，可以约定两个孩子都由一方抚养，如果无法达成一致意见，也可以约定一方抚养一个孩子。

关于抚养费，包含孩子的生活费，教育费和医疗费，无论是一方抚养一个孩子，或者是一方抚养两个孩子，都可以约定互相支付抚养费的数额、方式、期限，也可以约定自行承担，互不向对方支付抚养费。最好找专业的律师写，尽可能不要出现约定不明的情况。要约定明确两个孩子由谁抚养，跟谁共同生活，或者某个孩子由男方抚养，另一个孩子由女方抚养。

除此之外，还有一个双方容易忽视的就是孩子的探望。建议直接约定好双方探望孩子的方式，可以具体到每周的时间、法定节假日、寒暑假如何探望。这样才能让孩子在双方的爱护下健康成长。探视的时间最好能够配合孩子的日产生活，不要给孩子带去负担。